Som organisk materiale er dieselbrændstof en fødekilde for forskellige mikroorganismer, som lever i brændstoffet/vandet. Vandet trænger ind i opbevaringssystemerne gennem fugtighed, kondens, osv.
Eftersom brændstoflagre på landbrugene bruges relativt hurtigt (opbevares normalt ikke i månedsvis), har alger og andre typer organisk vækst ikke været et specielt problem for rent dieselbrændstof.
Biodiesel er imidlertid en anden type fødekilde. Den indeholder mere ilt og vand, og den mikrobiologiske aktivitet skaber slam, som kan blokere filtrene.
Desuden kan biodiesel have en rensende effekt, som løsner ophobede partikler i opbevaringstankene. B5 og B20 blandinger er tilstrækkeligt fortyndede til at de fleste (renseeffekt) problemer er uvæsentlige, men rapporter fra marken har vist at der kan være risiko, selv med B5 blandingen, især hvis opbevarings- og håndteringssystemerne er gamle eller ikke omhyggeligt vedligeholdt.
Hvorledes bruger man så biodiesel korrekt? Først og fremmest ved hjælp af den kendte regel, "Brug rent brændstof og hold det rent."
Køb din biodiesel blanding fra en kendt og pålidelig brændstofleverandør.
Behandl dine opbevaringstanke mod fugtighed med et egnet middel.
Monter eller opgrader in-line filtre.
Monter en brændstof/vand udskiller.
Vær omhyggelig med at minimere kondens i tanken.
Hvis det er på tide at udskifte gårdens opbevaringssystem, kan overgang til biodiesel være en god anledning til at få det gjort.
På samme måde skal brændstofsystemerne holdes rene og beskyttes. Vær forberedt på at skifte brændstoffiltrene hyppigere, især i starten ved brug af biodiesel blandinger. Brændstoffiltre for nye dieselmotorer er meget effektive, men fungerer ikke, hvis de overbelastes med for mange urenheder.
Biodiesel blandinger, især B2 og B5, har vist sig at være gode alternativer til ren dieselbrændstof med øget smøreevne og miljøvenlighed.
Ved brug af B100 biodiesel må der forventes op til 10% lavere præstation, og op til 5% øget forbrug i forhold til normal diesel. Blandinger med B5 eller derunder vil ikke medføre nævneværdige forskelle i præstation eller forbrug.